JBS2016

8-bit jöle kafalı celyden de anlaşılaşılacağı üzere sizin okumakta benim hem okumakta hem yazmakta olduğumuz yazının içeriği 5th International Jellyfish Bloom Symposium başlıklı bilimsel bir toplantıda jeton satın alıp atari oynayan sapyenslerin etkileşimleri ile ilgili.

jbsÖyle olsaydı ilginç olabilirdi, gerçi yemek aralarında içtiğim kadeh kadeh beyaz şarapları sayar, ödediğim €320 katılımcı parasını saymazsak, hatırladığım kadarıyla toplantı da ilginç ve eğlenceli bir süreç sayılabilirdi. Aslına bakarsanız tüm süreç benim için bir, eşeğin aklına karpuz kabuğu düşürme hadisesi şeklinde başlamıştı. Bilimsel bir projenin örneklemesi sırasında, üniversitenin araştırma gemisinde iki istasyon arasında yol alırken (biz her mevsimde 35+ istasyonda Marmara’yı örnekleriz) danışman hocamın;

Evladım (tam olarak Onur bak! gibi bir girişti, evladımı şimdi ben uydurdum), bir sonraki  Jellyfish Bloom Sempozyumu, 2016’da Barselona’da (o sıralar 2015 yazı falan) o zamana kadar sen de birşeyler hazırlarsan poster veya sözlü sunum başvurursun (ki hocanın daha önceki Japonya ve Avustralya toplantı anılarını dinleyen biz sabilerin buna özenmemesi beklenemezdi).

demesiyle başladı.

Sonrasında nasıl bir özgüvense

“Tabii hocam o zamana kadar kesin kendi datamı oluştururum” dedim.

bu arada benim böyle ayak üstü hocayla konuşup kendimi yakmışlığım çoktur, özellikle ansızın hocayla karşılaşıp spontane gelişen türden, o yüzden kendi kendime yıllar içinde

olm sakın hocayla ayak üstü çok fazla konuşma,

öz-direktifi geliştirdim (onedemekse),

10-corto-maltese-i

Örneklemeye çıkarken benim gördüğüm ben için bknz. Corto maltase

neyse ayrıntıdan ana hatlara dönelim, aslında ben bu sürece başlarken kafamdaki iki DNA bölgesinin (ITS bölgeleri ve COI) bu celylerdeki DNA barkodlamasını yapıp bu veri üzerinden kurabilirsem tür içi ve/veya türler arası filogenetik ilişkiler çıkarmaya çalışmak üzereydi ama sadece ITS bölgelerinden data elde etmede başarılı olabildim. COI’den PCR ürünü çok nadir aldım aldıklarım da dizileme için yeterli değildi. Bu arada aslında kafamda, celylerde embriyonik gelişimle alakalı evrimsel geçmişinin izleri sürülebilen genlerle çalışmak vardı, neydi bunlar hox‘tu, pax6‘ydı, antp‘ydi emekti, yine bu gen/aileleri zamanında üşüyenateş’in, bir eşeğin aklına karpuz kabuğu düşürme hadisesi sonrasında lügatıma soktuğu kabuklardı. Hayaller ve hayatlar memlerinde olduğu gibi hox/pax/sox olan hayaller, erişebileceğim yerel finansmanın ₺7k gerçeği ile, BAP (Bilimsel Araştırma Projeleri) biriminin ayırdığı bütçe,  DNA barkodlama olarak hayat buluyordu.

realism-tricorder-miri

Yaşam formlarının ansiklopedisini yazmaya yönelik bir DNA Barkodlama takdimi için ayrıca bknz. STAR TREK’S TRICORDER’ COMING TO REALITY (bu aletin bi- replikasını Galata’da buldum alıp almamak arasında gidip geliyorum ara sıra).

2015 Haziran ortaları gibi BAP‘a projeyi yazdım sanırım Temmuz sonlarıydı falan kabul edildi derken, zati elimde DNA izolasyon kiti vardı önceki Tübitak 1o02 proejsinden kalan (bu projede benim üzerime düşen kısım Haliç’teki denizanalarının DNA profillerini çıkartmaktı) onla başladım o sıra PCR kokteyllerim falan da geldi, Ağustos sonuydu 2. denememde ITS’i Agaroz jelde görüntüleyebilmiştim, hatta noob olmanın verdiği heyacanla jele UV’de fazla bakınca, koruma tablasız, birkaç gün gözlerim yandı.

 

 

… [yazım aşamasında]…

 

 

bcn

DNA Barcoding

Literature research

Collection

Lab process

Storage  (-20 or -80 Santigrat, 96% ethanol)

Tissue sample

gonad or oral arm (15-30 mg)

DNA isolation

Quantifaciation measure

PCR

ITS Regions and COi

Agarose Gel Electrophoresis

Sequencing

Sanger

Next Generation Sequencing

Bioinformatic

NGS raw data or Sanger data

File format

fastq, FASTA, .mas, .nwk, .BAM, .SAM, cnv, .csv …

R Studio, Perl, Phyton

Phylo- tools

R Studio, Perl, Phyton

bioconductor

ape, phyloseq

Literature Research

Google Scholar

biostars, stackoverflow, Researchgate

Sequence analysis

benchling, chromas, bioedit, fastqc, MEGA 7

Phylo- analysis

MEGA7 , figtree

 

 

 

Bir Cevap Yazın

Aşağıya bilgilerinizi girin veya oturum açmak için bir simgeye tıklayın:

WordPress.com Logosu

WordPress.com hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Log Out / Değiştir )

Twitter resmi

Twitter hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Log Out / Değiştir )

Facebook fotoğrafı

Facebook hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Log Out / Değiştir )

Google+ fotoğrafı

Google+ hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Log Out / Değiştir )

Connecting to %s